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父の行方を探して京の都にやってきた雪村千鶴は、血を求める化け物から救われたのをきっかけに新選組と行動を共にしていた。
そして慶応元年 六月。西本願寺に居を移し、京都の巡察を続ける新選組に「新選組を騙る賊」が頻繁に現れているとの報告がもたらされる。時を同じくして将軍家茂の上洛と警護の任が新選組に下り、土方達は事件の解決を急いでいた。

そんな中に「千鶴に似た人影」の手引きにより新選組屯所から羅刹数名が脱走。さらに会計方の酒井とともに市中へ出向いていた千鶴が騒動に巻き込まれ、行方不明となってしまう。
そして、土佐藩の浪士による“将軍暗殺計画”の情報が薩摩藩に届き、風間らも京の都に向かうのだった。
新選組を取り巻く様々な事件は果たして偶然なのか。全てが混沌とし、将軍上洛までの時間が迫る中、土方そして新選組の決断は…