街を焼き尽くす程の大災害があった。 炎の中、全てを失った幼い衛宮士郎は 魔術師、衛宮切嗣に助けられ。 その後、養子となる。 あれから十年。 衛宮士郎は今は亡き養父、切嗣との約束。 　"正義の味方"に成る可く 日々魔術の鍛錬を続けていた。 そんなある日、ふとしたきっかけから "聖杯戦争"と呼ばれる魔術師同士の戦いに巻き込まれ、 サーヴァントの一人、セイバーと契約する。 聖杯戦争、それは、 手にした者の願いを叶えるという聖杯を、 七人の魔術師（マスター）が 与えられた、七騎士の使い魔（サーヴァント）と共に、 奇跡を手に入れるために殺し合う争奪戦。 そして衛宮士郎は、十年前の大災害が 聖杯戦争によるものだと知り、 あの惨劇を繰り返さない為に、戦いに身を投じる事をになる。